להיסטוריה של היוגה יש מקומות רבים של ערפול וחוסר ודאות בשל העברתה בעל פה של טקסטים קדושים והאופי הסודי של תורתה. הכתבים המוקדמים על יוגה הועתקו על עלי דקל שבירים שנפגעו, נהרסו או אבדו בקלות.
ניתן לאתר את התפתחות היוגה מלפני למעלה מ-5,000 שנה, אך ישנם חוקרים שחושבים שיוגה עשויה להיות בת עד 10,000 שנים. ניתן לחלק את ההיסטוריה העשירה הארוכה של היוגה לארבע תקופות עיקריות של חדשנות, תרגול והתפתחות.
יוגה פרה-קלאסית
ההתחלה של היוגה פותחה על ידי תרבות האינדוס-סרסווטי בצפון הודו לפני למעלה מ-5,000 שנה. המילה יוגה הוזכרה לראשונה בטקסטים הקדושים העתיקים ביותר, ה-Rig Veda. הוודות היו אוסף של טקסטים המכילים שירים, מנטרות וטקסים שישמשו את הברהמנים, הכוהנים הודים.
היוגה שוכללה ופותחה לאט לאט על ידי הברהמנים והרישים (רואים מיסטיקנים) שתיעדו את שיטות העבודה והאמונות שלהם באופנישדות, יצירה ענקית המכילה למעלה מ-200 כתבי קודש.
הכתבים היוגיים הנודעים ביותר הוא הבהגווד-גיטה, שחובר בסביבות 500 לפנה"ס. האופנישאדים לקחו את רעיון ההקרבה הטקסית מהוודות והפנימו אותו, לימדו את ההקרבה של האגו באמצעות ידיעה עצמית, פעולה (קארמה יוגה) וחוכמה (ג'נאנה יוגה).
יוגה קלאסית
בשלב הפרה-קלאסי, היוגה הייתה תערובת של רעיונות, אמונות וטכניקות שונות שלעתים קרובות התנגשו וסותרו זה את זה. התקופה הקלאסית מוגדרת על ידי יוגה-סוטרס של פטנג'אלי, ההצגה השיטתית הראשונה של יוגה. טקסט זה, שנכתב בזמן כלשהו במאה השנייה, מתאר את דרכה של RAJA YOGA, המכונה לעתים קרובות "יוגה קלאסית".
פטנג'לי אירגן את תרגול היוגה ב"נתיב בעל שמונה איברים" המכיל את השלבים והשלבים לקראת השגת סמאדהי או הארה. פטנג'לי נחשב לעתים קרובות לאבי היוגה והיוגה-סוטרות שלו עדיין משפיעות מאוד על רוב סגנונות היוגה המודרנית.
כמה מאות שנים לאחר פטנג'לי, מאסטרי יוגה יצרו מערכת של תרגולים שנועדו להצעיר את הגוף ולהאריך חיים. הם דחו את תורתו של הוודות העתיקות ואימצו את הגוף הפיזי כאמצעי להשגת הארה.
הם פיתחו טנטרה יוגה, עם טכניקות רדיקליות לניקוי הגוף והנפש כדי לשבור את הקשרים הקושרים אותנו לקיום הפיזי שלנו. חקירה זו של הקשרים הפיזיים-רוחניים והתרגולים הממוקדים בגוף הובילה ליצירת מה שאנו חושבים בעיקר על יוגה במערב: האטה יוגה.
התקופה המודרנית
בסוף שנות ה-1800 ותחילת המאה ה-19, מאסטרי יוגה החלו לנסוע למערב, למשוך תשומת לב וחסידים. זה התחיל בפרלמנט הדתות בשיקגו בשנת 1893, כאשר סוואמי ויווקננדה הדהים את המשתתפים בהרצאותיו על יוגה והאוניברסליות של דתות העולם. בשנות ה-20 וה-30, האטה יוגה קודמה מאוד בהודו עם עבודתם של T. Krishnamacharya, Swami Sivananda ויוגים אחרים שתרגלו האטה יוגה.
קרישנמצ'ריה פתח את בית הספר הראשון להאתה יוגה במייסור בשנת 1924 ובשנת 1936 ייסדה סיווננדה את אגודת החיים האלוהית על גדות נהר הגנגס הקדוש. קרישנמצ'ריה הוליד שלושה תלמידים שימשיכו את מורשתו ויגדילו את הפופולריות של האטה יוגה: B.K.S. איינגאר, T.K.V. Desikachar ו Pattabhi Jois. Sivananda היה סופר פורה, כתב למעלה מ-200 ספרים על יוגה, והקים תשעה אשרמים ומרכזי יוגה רבים ברחבי העולם.
ייבוא היוגה למערב עדיין נמשך בטפטוף עד שאינדרה דווי פתחה את סטודיו היוגה שלה בהוליווד בשנת 1947. מאז, הרבה יותר מורים מערביים והודיים הפכו לחלוצים, הפכו את האטה יוגה לפופולריות וצברו מיליוני עוקבים. להאטה יוגה יש כיום אסכולות או סגנונות רבים ושונים, כולם מדגישים את ההיבטים הרבים והשונים של התרגול.